Das Institut für Biologie zeichnet sich durch einen regen Austausch mit den anderen im Fachbereich BCP angesiedelten Instituten und der Berliner Forschungslandschaft aus. Dies zeigt sich in der Beteiligung an vielen interdisziplinären Forschungsverbünden, wie Exzellenzclustern, Graduiertenschulen, Sonderforschungsbereichen, Graduiertenkollegs und BMBF-Verbünden.

Auf nationaler Ebene erfolgt eine enge Zusammenarbeit mit externen Forschungseinrichtungen wie Helmholtz-Zentren, Leibniz- und Max-Planck-Instituten sowie Bundesinstituten (BAM, BfR etc.). Außerdem kooperiert das Institut in zahlreichen Projekten mit den anderen Berliner Universitäten, der Universität Potsdam, der Partneruniversität LMU München und vielen anderen deutschen Universitäten. Als Beispiel ist hier das Berlin-Brandenburgische Institut für Biodiversitätsforschung zu nennen; ein Zusammenschluss von vier Universitäten (FU, UP, TU, HU) und fünf Leibniz-Instituten (IGB, IZW, ZALF, MfN, PIK) mit dem Ziel, die traditionellen Grenzen in der Biodiversitätsforschung zu überbrücken.

Für den Sonderforschungsbereich 958 hat das Institut für Biologie die Sprecherschaft inne. Dort sind derzeit zehn Arbeitsgruppen des gesamten Fachbereichs beteiligt. Außerdem ist das Institut am Exzellenzcluster „NeuroCure“ und am „Dahlem Centre of Plant Sciences“ beteiligt.

Die Einstein Research Unit Climate and Water under Change (CliWaC) widmet sich als transdisziplinäre Forschungsinitiative der Berlin University Alliance der Untersuchung wasserbezogener Risiken des Klimawandels im Raum Berlin-Brandenburg. Dabei wird CliWaC sozial- und naturwissenschaftliches sowie praktisches Fachwissen von Stakeholdern zusammenbringen, um Minderungs- und Anpassungsmaßnahmen gegenüber Auswirkungen des Klimawandels zu entwickeln.

Das Konsortium besteht aus 28 Projektleitern der Berlin University Alliance Mitgliedern Freie Universität Berlin, Humboldt-Universität zu Berlin, Technische Universität Berlin und Charité. Zusätzlich werden das Leibniz-Zentrum für Agrarlandschaftsforschung und das Institut für ökologische Wirtschaftsforschung mit eingebunden. Prof. Dr. Britta Tietjen (Freie Unviersität Berlin) und Prof. Dr. Jörg Niewöhner (Humboldt-Universität zu Berlin) leiten die Einstein Research Unit.